丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99％,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2％/97.4％以上,不同序列之间存在4～17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7％,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9％.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.     

新型冠状病毒的相关研究进展

2019年12月出现于湖北武汉的一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致肺炎疫情,给人类生命安全造成威胁。迄今为止,对2019年出现的SARS-CoV-2的研究仍处于起步阶段,本文就其相关研究进展进行综述,重点阐述了目前关于SARS-CoV-2的病原学与致病机制方面的研究成果,同时对其流行病学以及该病毒引发的肺炎临床特点加以总结,有助于读者及时了解SARS-CoV-2最新的研究动态,并为今后开展治疗药物及疫苗研发提供方向。     

安徽北部地区恶性肿瘤人群卡波氏肉瘤相关疱疹病毒血清学分析

卡波氏肉瘤相关疱疹病毒是一种新发现的γ疱疹病毒(Kaposi'ssarcoma-associated herpesvirus,KSHV).在中国新疆,KSHV感染率比较高,KSHV在免疫缺陷患者和静脉吸毒者中感染率也比在普通人群中高.为了进一步研究KSHV在安徽北部地区恶性肿瘤人群中的感染率和高风险因素,初步探讨KSHV与肿瘤的发生之间相关性,研究KSHV的高发人群特点,本研究选用KSHV病毒重组蛋白ORF65、ORF 73和K8.1为抗原,利用酶联免疫吸附实验(ELISA)对500份恶性肿瘤患者血清样本及200份健康体检人群血清样本进行KSHV抗体检测,分析KSHV的感染率及危险因素.结果显示500例肿瘤患者KSHV阳性总数170例,总阳性率为34％,200份健康人群KSHV阳性总数22例,总阳性率为11％,肿瘤人群KSHV阳性率明显高于健康人群(P＜0.001).其中肺癌、肝癌、结肠癌、宫颈癌、乳腺癌样本KSHV阳性率分别为36.4％,34.1％,41.7％,28.6％,30.3％,此5组肿瘤组KSHV阳性率也分别高于健康人群,都具有统计学意义(P＜0.001).但5组肿瘤样本之间KS-HV阳性率无明显差异(P＞0.05),且各组肿瘤样本分别与性别、乙肝五项、丙肝之间无统计学意义(P＞0.05).本研究结果提示安徽北部地区恶性肿瘤患者KSHV抗体阳性率显著高于中国普通人群总体KSHV抗体阳性率,证明KSHV在恶性肿瘤人群中呈现较高比例的分布.     

寨卡病毒,不仅仅是小头畸形

寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)属于黄病毒科黄病毒属,由蚊虫叮咬传播。ZIKV发现于1947年。2007年以来,由于基因突变,ZIKV获得了更强的神经嗜性和在蚊虫体内播散的能力,因而在全球加快流行,并与成人吉兰-巴雷综合征和胎儿小头畸形的发生密切相关。最近的临床观察和动物研究进一步表明,ZIKV感染引起的临床症状复杂多样,所造成的疾病不仅仅是小头畸形,它还能够损伤雄性生殖系统,干扰下丘脑对神经内分泌系统的调节,引起多种激素分泌缺陷,导致生长发育迟缓和学习记忆能力损伤。因此,对于先天感染ZIKV的新生儿,不仅要在孕期监测小头畸形的发生,出生后也需进行长期的跟踪观察;对于出生后感染ZIKV的婴幼儿以及学龄前儿童,无论病情轻重,也需要进行随访,以明确ZIKV感染的远期影响。     

2017-2020年河南省漯河市呼吸道合胞病毒流行特征研究

呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)是引起严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)的一个重要病原,尤其以5岁以下儿童为主.为了解河南省漯河市SARI住院患者中RSV感染的流行病学和临床特征,为RSV预防控制及临床诊疗提供科学数据,本研究采集2017年10月至2020年8月河南省漯河市SARI住院病例的咽拭子,并收集流行病学和临床信息.采用荧光定量PCR方法鉴定RSV A/B阳性病例,分析其流行病学和临床特征.结果显示,本研究共入组1335例SARI病例,其中220例(16.48％)为RSV阳性,A和B亚型分别占64.55％和30.45％.RSV感染以5岁以下儿童为主(占91.36％),2岁以下婴幼儿占RSV感染病例的一半以上(占55.37％).RSV流行高峰出现在11月-次年1月,不同年份流行季可前后相差一个月.A﹑B亚型在不同月份可单独流行也可共流行.受新型冠状病毒肺炎疫情影响,2020年2-8月SARI病例数较往年同期减少60％以上,RSV阳性率在2020年2-8月降低为0.与非RSV感染组相比,RSV更易感染2岁以下儿童,下呼吸道感染占比更高(以支气管肺炎为主).本研究通过近3年SARI病例监测,揭示河南省漯河市RSV感染以冬春季常见,以下呼吸道感染为主,主要感染5岁以下儿童,其中2岁以下婴幼儿是防控重点人群.新型冠状病毒肺炎流行期间,由于限制性防控措施的干预,RSV感染大大降低.本研究将为RSV疫苗和单克隆抗体等预防性干预手段的使用策略提供基础数据.     

2018-2019年中国流行性腮腺炎流行特征和病毒基因特征分析

阐明中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2018-2019年流行性腮腺炎(流腮)流行特征和病毒基因特征。对2018-2019年中国流腮流行病学和病毒学监测数据进行描述流行病学和分子流行病学分析。2018-2019年中国流腮年报告发病率分别为18.65/10万和21.48/10万,15岁以下儿童和青少年是我国流腮的高发人群,分别占总病例数的85.30%和82.56%。流腮的流行具有明显的季节性特征。全国各省、自治区、直辖市份均有流腮病例报告,西部和中部地区发病率高于东部地区。2018-2019年共获得160条腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)SH基因序列,其中150条(93.75%)序列鉴定为F基因型MuV,在我国11个省份检测到;10条(6.25%)序列为G基因型MuV,2019年在广东、湖北和新疆3个省份检测到。和我国既往流行MuV代表株相比,2018-2019年流行的F基因型MuV代表株序列在基因亲缘性关系树上相对集中。现阶段我国流腮的流行病学特征未发生明显改变,仍呈现病毒自然流行模式;F基因型作为优势流行基因型,在我国大部分地区持续流行,但毒株的遗传多态性有所降低,这可能和我国实施1剂次腮腺炎疫苗常规免疫策略有关。G基因型MuV主要在我国局部地区流行,但流行范围在逐渐扩大。建议进一步加强两剂次腮腺炎疫苗接种工作,降低我国腮腺炎易感人群。同时持续性开展MuV流行学和病毒学监测工作,为鉴别病毒的来源,确定病毒传播途径和评估腮腺炎疫苗免疫策略奠定重要的基础。     

不同坡位水曲柳木质部解剖特征及其与气候关系

随着气候变暖,东北地区暖干化加剧。为了解干旱胁迫对小兴安岭地区不同坡位水曲柳径向生长的影响,采用木材解剖学方法,分析了水曲柳木质部解剖特征对不同坡位水分变化的响应。结果表明: 上、下坡位水曲柳木质部解剖参数整体上变化趋势一致,导管数量呈线性分布,最大导管面积和总导管面积总体上呈对数分布,平均导管面积总体上呈偏正态分布。不同坡位多个解剖参数均存在显著差异,下坡位导管数量、导管面积总体上大于上坡位。大部分解剖参数与日积温呈显著正相关,但存在一定差异,上坡位水曲柳总导管面积与日均温呈正相关,导管数量、总导管面积与相对湿度呈正相关,相关性均大于下坡位。上坡位最小导管面积与日积温和相对湿度呈显著负相关;而下坡位,总导管面积与相对湿度呈显著正相关。气候暖干化会导致水曲柳导管面积和导管数量相对减少,但基本上不影响导管分布状况,上、下坡位导管分布基本一致。目前,气候暖干化未限制而是促进了水曲柳的径向生长。     

宁夏东部风沙区固定沙丘土壤性质小尺度空间变异特征

随着流动沙丘的不断固定,不同地形部位的土壤机械组成、有机碳(SOC)和全氮(TN)含量的变化存在差异。为了探明固定沙丘的土壤机械组成与土壤养分空间变异特征,本研究以宁夏黄沙古渡固定沙丘为对象,分析了固定沙丘不同部位、不同土层的风沙土机械组成、SOC和TN特征。结果表明: 各土层土壤机械组成均以中沙和细沙为主。SOC和TN有明显的表聚作用,SOC和TN含量最大值分别为5.781和0.412 g·kg^-1,分布在丘间地,脊线和背风坡含量最少。随着土层深度的增加,背风坡和迎风坡的SOC含量逐渐减少,丘间地的SOC含量先减少后增加。SOC和TN在小尺度上均表现出明显的空间异质性;SOC和TN与粉沙和极细沙含量呈显著正相关,与中沙和粗沙含量呈显著负相关。土壤机械组成对SOC和TN含量有明显影响,而且SOC和TN含量随着细颗粒含量的增加而增加,表明土壤细颗粒对有机质的吸附和积累起着重要作用。     

健康与凋萎病杨梅树体及根围菌群的差异

凋萎病是制约杨梅产业发展的严重病害。为了有效防控凋萎病,本研究分析了杨梅健康和感染凋萎病树体各部位及根表土和根围土中细菌和真菌群落的丰富度与多样性的差异。结果表明: 与健康树相比,病树根围土、根表土、根、枝干、枝皮和叶片的细菌和真菌丰富度均发生了显著变化,其中,根表土细菌和枝皮内真菌的丰富度和多样性均显著降低,而枝皮内细菌和根表土的真菌丰富度和多样性均显著升高。病树各部位及根表、根围土细菌和真菌的优势菌相对丰度在门、纲和属水平上发生了明显的变化,在病树枝干、根和根表土中的假单胞菌属及根表土、根围土中的镰刀菌属的相对丰度明显降低,病树根表土及根围土中青霉菌属的相对丰度明显增加。与凋萎病菌同属的拟盘多毛孢菌在病树根内显著减少,而在其他位置均大量增殖,其相对丰度与多数相对丰度较高的真菌呈正相关。本研究结果将为开发杨梅凋萎病的生态改良、培育健康树体和生物防治技术提供有效的理论依据。     

太行山南麓坡面土壤碳氮空间变异性及其影响因素

太行山南麓是我国华北平原的重要生态屏障,研究该区域土壤养分的空间变异性对土石山区林业生态建设具有重要意义。本研究以太行山南麓典型坡面(人工林坡地和自然荒坡地)为对象,采用网格法布设采样点,运用经典统计学、地统计学和约束性排序相结合的方法对土壤养分的空间变异性进行分析。结果表明: 1)太行山南麓的土壤全碳(TC)含量为6.80～57.05 g·kg^-1,全氮(TN)含量为0.74～3.93 g·kg^-1;土壤TC、TN变异系数为25.0%～52.8%,均属于中等程度变异,该变异由随机性因素和结构性因素共同引起;养分的空间聚集性均随着滞后距的增加而下降。2)土壤养分含量从坡上到坡下均有增加的趋势,养分的高值区出现在坡下部分。3)土壤总容重、砾石含量、植被覆盖度、土壤含水量是影响太行山南麓土壤TC、TN空间变异的主要因素。4)土壤含水量是影响自然荒坡地土壤养分的主控因素,但不是影响人工林坡地的主控因素。